Je speelt als Edward Kenway, een jonge kapitein die in 1715 het Caribische gebied verkent. Piraten heersen hier en hebben een eigen, wettenloze Republiek gevormd. Edward's zoektocht naar glorie brengt hem in conflict met de Assassins en Templars, twee machtige groepen met verschillende doelen.
Je beleeft de Gouden Eeuw van de Piraterij, met schippen, eilanden en gevechten op zee. Edward's acties kunnen het evenwicht tussen de piraten, Assassins en Templars veranderen.