In Battalion Wars 2 leid je je troepen in een wereldwijde oorlog. Commander Pierce en Colonel Windsor geloven dat de Solar Empire een superwapen ontwikkelt en starten een preventieve aanval. Je bestuurt tanks, schepen, vliegtuigen en verschillende eenheden op land, zee en in de lucht.
Er zijn zes rassen, vijf gebieden en nieuwe eenheden, zoals vijf marineschepen, waaronder het Fregat en de Onderzeeër. Je ontwikkelt je eenheden vanuit bedrijfsgebouwen die je moet innemen. Vanaf de landkaart geef je bevelen aan je troepen.
De game heeft meer dan twintig missies voor solospelers en vijftien voor twee spelers. Online kun je Assault, Skirmish en Co-op modi spelen. Assault is direct gevecht, Skirmish is tactischer en in Co-op vecht je samen tegen computergestuurde tegenstanders.