Beyond Good and Evil speelt zich af op de planeet Hyllis, die wordt bedreigd door buitenaardse wezens. Jade, een actie reporter, probeert haar eiland te verdedigen en krijgt vreemde visioenen. Ze twijfelt aan de overheid die beweert dat de planeet veilig is.
Jade sluit zich aan bij een ondergrondse verzetsorganisatie en begint een avontuur om de waarheid achter de invasie te ontrafelen. Gewapend met haar camera, een aikido stok en doorzettingsvermogen gaat ze op onderzoek uit. Haar zoektocht brengt haar tot in het hart van een samenzwering en laat haar ontdekken dat de grenzen verder reiken dan ze dacht.