In Blazing Angels 2: Secret Missions of WWII vlieg je als ervaren piloot experimentele vliegtuigen tijdens geheime missies in de Tweede Wereldoorlog. Je strijdt tegen vijandelijke Duitse vliegtuigen en probeert te voorkomen dat Nazi-Duitsland een geheim wapen maakt.
Je speelt een belangrijke rol als Squad Leader van een squadron Amerikaanse vliegtuigen, geproduceerd in het geheim door de Amerikaanse overheid. Het spel bevat achttien missies, zoals bruggen bombarderen, geheime wapens stelen en zeppelins vernietigen.
Er zijn 50 verschillende vliegtuigen, waaronder de Gotha Go 229 en de Me-163 Komet. Deze vliegtuigen zijn uitgerust met moderne apparatuur zoals High Velocity Cannons en hittezoekende raketten. Je vliegt door diverse omgevingen, van Cairo tot de Zwitserse Alpen.
Naast een singleplayer-modus is er ook een multiplayer-modus voor maximaal zestien spelers. Er zijn verschillende speltypes, zoals Epic Battle en Capture the Flag. Daarnaast is er een coöperatieve spelmodus waarin je samen tegen de Duitsers strijdt.