Blazing Angels 2: Secret Missions of WWII is het vervolg op Blazing Angels: Squadron of WWII. Je speelt een ervaren piloot tijdens de Tweede Wereldoorlog die in experimentele vliegtuigen op geheime missies vliegt. Je moet voorkomen dat Nazi-Duitsland een geheim wapen maakt.
Het spel speelt zich af tijdens Operation Wildcard, een geheime missie om een Duits wapen te ontmantelen. Je bent de Squad Leader van een squadron Amerikaanse vliegtuigen die in het geheim zijn geproduceerd.
Er zijn achttien missies, waaronder bruggen bombarderen, geheime wapens stelen en zeppelins vernietigen. Er zijn 50 verschillende vliegtuigen in het spel, waaronder de Gotha Go 229, de DH Vampire F Mk 1 en de Me-163 Komet.
De vliegtuigen zijn uitgerust met moderne apparatuur uit die tijd, zoals High Velocity Cannons en hittezoekende raketten. Je vliegt door verschillende omgevingen, zoals Cairo, het Himalaya-gebergte, Moskou, Rome en de Zwitserse Alpen.
Naast een singleplayer-modus heeft het spel ook een multiplayer-modus voor maximaal zestien spelers. Er zijn speltypes zoals Epic Battle en Capture the Flag. Er is ook een coöperatieve spelmodus waarin je samen tegen de Duitsers vecht.