Bravely Default: Flying Fairy speel je in een wereld genaamd Luxendarc. De wereld wordt in het duister gestort nadat de vier elementale kristallen (vuur, water, wind en aarde) worden opgeslokt door een mysterieuze kracht. Vulkanen barsten uit en oceanen worden gevaarlijk.
Agnès Oblige, vestaal van het windkristal, wordt gered door haar tempel. Met de kristalfee Airy als gids gaat ze op reis om de kristallen te doen ontwaken en het licht terug te brengen naar Luxendarc.
Tijdens deze reis wordt het dorp Norende verzwolgen door een kloof. Tiz Arrior is de enige overlevende en sluit zich bij Agnès aan om het duistere kwaad te bestrijden.
In dit RPG reiz je door Luxendarc om de kristallen te doen ontwaken. Je ontmoet bondgenoten en vijanden en vecht in beurten. Met het Brave and Default- en Bravely Second-systeem kun je strategischer spelen en meerdere keren aanvallen in een beurt of de tijd stopzetten.