De Bravely Second: End Layer Deluxe Collector's Edition bevat naast de game een original soundtrack, een mini Agnes figurine en een deluxe art book met 250 pagina's.
Het verhaal begint wanneer Agnes Oblige, de heldin van Bravely Default, wordt ontvoerd door de boze Kaiser Oblivion. Haar bodyguard Yew Geneolgia zweert haar te redden uit de Kaisers Skyhold, een onneembare vesting die hoog boven Eternia zweeft. Onderweg bundelt Yew zijn krachten met Magnolia Arch en andere nieuwe gezichten, plus enkele terugkerende helden zoals Edea Leen en Tiz Arrior, om samen te overleven in onheilspellende kerkers en confrontaties met angstaanjagende vijanden.
Bravely Second introduceert een innovatief Brave- en Default-systeem voor tactische gevechten. Spelers kunnen tijdens hun beurt desgewenst meerdere acties uitvoeren, maar daardoor kunnen ze de volgende beurten niet meer bewegen. Een nieuwe functie in Bravely Second laat spelers hun vaardigheden en lef nog verder beproeven: als een gevecht in een beurt is gewonnen, kunnen dappere krijgers meteen een volgend, moeilijker gevecht beginnen voor kans op steeds betere beloningen.
Om de zwaardere gevechten en grotere vijanden te overleven, moeten spelers handig gebruik maken van 30 verschillende klasses, ook wel jobs genaamd, die spelers de vaardigheden geven om te overleven. Spelers verdienen job-ervaring door te strijden, waardoor ze spelenderwijs nieuwe vaardigheden en eigenschappen krijgen, voor totaal nieuwe tactische mogelijkheden.