Digimon Survive is een survivalavontuur waar je lastige keuzes moet maken onder extreme omstandigheden. Jouw beslissingen beïnvloeden het verhaal, het lot van je vrienden en hoe je Digimon evolueren. Het spel heeft een unieke 2D-artstyle en een strategisch gevechtsperspectief.
Het verhaal begint tijdens een zomerkamp. Takuma en zijn vrienden Aoi en Minoru verkennen een heiligdom en ontmoeten Koromon, een roze monster. Wanneer ze worden aangevallen door monsters, verandert Koromon in Agumon en samen verjagen ze de vijanden. Ze ontdekken dat ze in een vreemde nieuwe wereld zijn beland.