In de onderwereld Felicidad leven mensen en monsters in harmonie. Boeren kweken en leiden monsters, bekend als Farmagia. Dankzij hen en de Magus Diluculum en zijn generaals, de Oración Seis, floreert de samenleving... tot de Magus sterft. Dan grijpt Glaza, een van de generaals, de macht.
Als Glaza en zijn leger Centvelt binnendringen, probeert een Farmagia genaamd Ten ze tegen te houden. Hoewel hij faalt, inspireert hij anderen om zich te verzetten. Met hulp van een overgelopen generaal van Oración vechten Ten en zijn vrienden om verdere onderdrukking te voorkomen.
Je speelt als Ten en zijn vrienden. Je leidt een leger monsters, verkent de Onderwereld, vecht en verzamelt grondstoffen. Op je boerderij verbeter je je vaardigheden, kweek je monsters en ontwikkel je nieuwe eigenschappen om Glaza en de Oración Seis te verslaan.
Hiro Mashima, maker van Fairy Tail en Edens Zero, brengt zijn kenmerkende stijl naar Farmagia. Het spel combineert monstergevechten en landbouwsimulatie.