FIFA Football 1999 heeft een verbeterde grafische kwaliteit ten opzichte van vorige versies. De spelers zijn nu gedetailleerder en realistischer, met variërende groottes en realistische hoofdbalacties. Het spel legt meer nadruk op luchtgevechten, met verbeterde volley's, omhaals en nieuwe trucs.
Je kunt de bal nu mooier op je borst laten landen of rechtstreeks doorkoppen naar een medespeler. De bewegingen en interacties op het veld voelen nog authentieker aan.