G.I. Joe: Rise of the Cobra voor de Nintendo DS brengt je in een exclusieve verhaallijn die aansluit bij de film, stripboeken en speelgoedlijn. Je speelt met één van de G.I. Joe- of Cobra-personages en versterkt je personage door opdrachten uit te voeren. Hierdoor krijg je nieuwe wapens en kledingstukken. Je hebt de keuze uit zes G.I. Joe- en vijf Cobra-personages.
Het spel biedt 21 levels en een multiplayer optie met drie spelmodi: Joe vs Cobra, Warhead en Defend. Je kunt met maximaal vier spelers spelen, maar dan moet iedereen het spel hebben.