In LEGO Batman 3: Beyond Gotham voor de Nintendo 3DS vecht je als Batman en andere DC-superhelden tegen Brainiac. Deze schurk heeft een ruimtestation in handen en wil de aarde vernietigen. Hij gebruikt de krachten van de Lantern Rings om werelden te verkleinen en toe te voegen aan zijn collectie. Jij moet door het universum reizen om de rings te vinden en Brainiac te stoppen.