Metal Gear - Acid is een turn-based spel met een uniek cardsysteem. Je gebruikt kaarten om acties uit te voeren, zoals een vijand van achteren aan te vallen met een 'breek-zijn-nek' kaart. Er zijn talloze kaarten in het spel, elk met een specifieke functie.
Het verhaal speelt zich af in 2016. Een vliegtuig met 517 burgers en de vermoedelijke nieuwe president van de Verenigde Staten wordt gekaapt. De terroristen eisen de overhandiging van de 'Pyhtagoras', een codenaam voor een geheim project in Afrika. De Verenigde Staten sturen commando's, maar het contact gaat verloren. Uiteindelijk wordt de legendarische Solid Snake ingezet om het probleem op te lossen.