Metal Gear Survive speel je in een alternatieve tijdlijn. Deze begint na het einde van Metal Gear Solid V: Ground Zeroes. In het spel vormen zich onverklaarde wormhollen in de lucht. Je belandt op verwrongen woestijnlandschappen. Hier staan enorme, halfgevormde structuren. Ook zijn er levende biologische bedreigingen en de overblijfselen van een militaire macht. Je moet samenwerken om te overleven in dit barre terrein vol met dodelijke wezens.