Ninja Reflex is een partygame waarbij je reflexen test aan de hand van martialartsuitdagingen. Je verbetert je ninja-vaardigheden en probeert de zwarte band te halen bij je Sensei. In multiplayer-gevechten kun je zien wie van de vier ninja's het beste is.
Het spel bevat zes verschillende uitdagingen: Shuriken (sterren gooien naar vijanden), Hotaru (snelheid testen), Hashi (vliegen vangen met eetstokjes), Koi (koikarpers vangen met je blote handen), Nunchaku (bommen verbrijzelen met nunchucks) en Katana (demonen neerslaan met een samoeraizwaard). Je speelt deze uitdagingen door de bewegingen in beeld na te bootsen met je Wii-afstandsbediening.