In Pikmin 3 voor Wii U leid je een leger van kleine, insectachtige wezentjes die je beschermen en helpen bij taken. Je ontdekt een nieuwe planeet met verschillende omgevingen en twee nieuwe soorten Pikmin: de stevige Rock Pikmin en de vliegende Winged Pikmin. Met de Wii U GamePad krijg je een overzicht van de actie en kun je snel schakelen tussen gebieden door het touchscreen te gebruiken.
Je kunt de Wii-afstandsbediening Plus, de Nunchuk, de Wii U Pro-controller of de GamePad gebruiken om je Pikmin precies te besturen. Gooi ze naar vijanden om hun zwakke punten aan te vallen of gebruik ze om obstakels te overbruggen. Combineer de eigenschappen van de verschillende Pikmin om vooruitgang te boeken en probeer elke dag het meeste uit je team te halen.