In Pikmin 3 (Selects) voor Wii U leid je een leger van Pikmin, kleine wezentjes die je helpen en beschermen. Je ontdekt een gevaarlijke planeet met verschillende omgevingen en twee nieuwe soorten Pikmin.
Je kunt de Wii-afstandsbediening Plus met Nunchuk, de Wii U Pro-controller of de Wii U GamePad gebruiken om je Pikmin precies te besturen. Werp ze op vijanden of obstakels en gebruik het GamePad-scherm voor een overzicht van de actie.
Met de nieuwe Rock Pikmin kraak je vijanden en barrières, en met de Winged Pikmin kun je verder trekken. Beslis hoe je je Pikmin het beste inzet voor verschillende taken en probeer elke dag in het spel optimaal te benutten.