In Prince of Persia 2: Warrior Within wordt de Prins gejaagd door de Dahaka, een onsterfelijke beschermheer van de tijd. Door de tijdlijn te verstoren in het vorige spel, staat de Prins aan het einde van zijn bestaan. De Dahaka is onverslaanbaar, maar de Prins reist naar een vervloekt eiland om zijn lot te trotseren.
Het spel introduceert een Free Form Fighting System, waarmee je de omgeving en vijanden gebruikt om je eigen vechtstijl te ontwikkelen. De Prins is nu dodelijker, sterker en gemener, met een donkere persoonlijkheid. Je verkent een donkere, realistische onderwereld vol vervloekte monsters en moeilijke vijanden.
De tijdcontrole is verbeterd en makkelijker te gebruiken, wat strategischer actie mogelijk maakt.