Yakuza Zero speelt zich af in het Japan van de jaren tachtig, waar achter de glanzende voorzijde een onderwereld van geld, misdaad en kansen schuilt. Je speelt als Kazuma Kiryu en Goro Majima, twee hoofdrolspelers wier problemen net beginnen. Kiryu klimt op in de misdaadfamilie van Dojima, maar moet zijn eer verdedigen na een mislukte incassoklus. Majima runt een cabaretclub in Osaka en wil terugkeren naar zijn yakuza clan, maar moet daarvoor onmogelijke opdrachten voltooien.