In Splinter Cell: Double Agent voor PC gaat NSA-agent Sam Fisher undercover bij een terroristische groepering. Je speelt als Fisher die zijn land verraadt, maar in werkelijkheid probeert de wereld veilig te houden.
Je moet opdrachten uitvoeren voor de slechteriken terwijl je probeert je dekmantel te behouden. Dit betekent soms moeilijke keuzes maken, zoals het moorden van mensen om je cover te behouden.