Tales of Hearts R volgt het verhaal van Kor Meteor, een jonge man die in een vissersdorp woont. Hij traint onder begeleiding van zijn grootvader om zijn vechtvaardigheden te verbeteren. Zijn grootvader geeft hem een speciaal wapen, een Soma, dat alleen kan worden gebruikt door mensen met sterke Spiria.
Kor ontmoet Kohaku, een jonge vrouw die onder de invloed staat van een mysterieuze heks. Bij het proberen om haar te helpen, breekt hij per ongeluk haar Spira Core, de bron van haar emoties. Nu moet Kor een manier vinden om haar ziel te herstellen.