The Last Remnant speelt duizend jaar geleden, toen de mensheid voor het eerst contact maakte met de Remnants. Deze magische objecten werden ooit gebruikt om vrede te verspreiden, maar groeiden uit tot een bron van macht en conflict. Je speelt als Rush Sykes of The Conqueror, elk gericht op een andere markt. Er zijn vier rassen in het spel: Mitra (mensen), Yama (vis-achtigen), Qsiti (hagedis-achtigen) en Sovanni (kat-achtige wezens met vier armen).
Het spel is turn-based, maar het gevechtssysteem is allesbehalve passief. Er zijn regelmatig Quick Time Events (QTE's) die je actief moeten reageren.