Je hebt drie dagen de tijd om te voorkomen dat de maan op het land Termina neerstort. Link zal die dagen steeds opnieuw beleven en de Song of Time gebruiken om het mysterie van Majora's Mask op te lossen.
In dit avontuur kan Link magische maskers gebruiken om te veranderen in een Deku Scrub, Goron of Zora. Deze maskers geven hem speciale vaardigheden, zoals vliegen, rollen en zwemmen.