Je hebt drie dagen om te voorkomen dat een maan op Termina neerstort. Link gebruikt de Song of Time om die dagen te herhalen en de vaardigheden te verzamelen die hij nodig heeft om het mysterie van Majora's Mask op te lossen.
In dit avontuur verandert Link met magische maskers in een Deku Scrub, Goron of Zora. Deze maskers geven hem de mogelijkheid om te vliegen, te rollen en te zwemmen.