Tom Clancy's Splinter Cell: Pandora Tomorrow is een stealth-actionspel waarin je de rol speelt van Sam Fisher. Je helpt de VS bij een conflict tussen Oost-Timor en Indonesische guerrilla's. De guerrillaleider, Suhadi Sadono, heeft het pokkenvirus verspreid en je moet voorkomen dat het virus zich verspreidt.
Het spel biedt een nieuwe storyline, verbeterde tegenstanders en een krachtigere Sam Fisher. Er zijn nieuwe animaties, graphics, stemmen en lichteffecten. Je hebt nieuwe moves, zoals de half-split-jump, en nieuwe gadgets. De singleplayer missies zijn verbeterd met meer open eindes en betere replay mogelijkheden. Het is ook de eerste online multiplayer stealth action game.