De makers van Alpha Protocol, Obsidian Entertainment, staan ook achter Knights of the Old Republic 2 en Neverwinter Nights 2. In deze RPG's vecht je op basis van punten en verdien je ervaringspunten om sterker te worden. In Alpha Protocol brengen ze dit systeem naar het spionnengenre.
Je speelt als agent Michael Thorton, die exotische locaties moet infiltreren om terroristen te bestrijden. Je kunt kiezen om te werken als een koude, precieze spion zoals James Bond of als een ruige, explosieve agent zoals Jason Bourne. Je keuzes in dialogen beïnvloeden het verloop van het verhaal.
Michael bezit geheime informatie om een internationale catastrofe te voorkomen, maar zelfs de mensen die hij trouw heeft gezworen, zijn niet langer te vertrouwen. In de wereld van Alpha Protocol heeft elke beslissing gevolgen.