In Bully: Scholarship Edition speel je als Jimmy Hopkins, een scholier die zijn laatste kans krijgt op Bullworth Academy. Je moet je weten te redden tussen pestkoppen, vervelende leraren en de druk om populair te worden.
Je kunt vrij rondlopen op het schoolterrein en verschillende opdrachten uitvoeren om je status te verbeteren. Deze opdrachten helpen je om vrienden te maken en je positie op school te versterken.
Naast de hoofdmissies kun je ook minigames spelen, zoals lessen volgen in verschillende vakken. Er zijn ook activiteiten op de kermis, zoals ballen gooien en kartsracen. Deze versie bevat acht nieuwe missies, vier nieuwe lessen en nieuwe kledingopties.