In Dangerous Waters neem je de controle over vliegtuigen, schepen en duikboten in moderne militaire missies. Je plant aanvallen of laat dat over aan de kunstmatige intelligentie, terwijl jij je richt op sonar, wapensystemen of andere eenheden.
De game biedt tien grote marinevloten met ruim 270 realistische eenheden, gebaseerd op officiële data van het U.S. Naval Institute. Je vindt deze eenheden ook terug in de uitgebreide database.
Naast dynamische campagnes zijn er een Quick Mission-modus, multiplayer en een missie-editor. Met die editor kun je zelf missies maken – de ontwikkelaars gebruikten deze zelf ook voor hun ontwerpen.