In Far Cry 3 neem je de rol aan van Jason Brody, een toerist die strandt op een afgelegen tropisch eiland. Je vriendengroep wordt opgesplitst na een ongeluk, waarbij Jason alleen achterblijft op het eiland. Spoedig kom je erachter dat het eiland niet zo onschuldig is als het lijkt.
Je kunt zelf bepalen hoe je het verhaal beleeft: verken het eiland vrijelijk of ga direct de strijd aan met de rebellen die het eiland onveilig maken. De keuze is aan jou: slaap je je doelwitten uit, vecht je met een aanval uit alle richtingen, of combineer je beide tactieken om te overleven.
Het eiland is een open wereld waar je in je eigen tempo de strijd aangaat. Geen vaste route, geen verplichte confrontaties – alleen jij tegen de jungle en de rebellen.