Op Mata Nui vechten de Toa tegen de Bohrok en Rahkshi. Ze proberen de Toa Nuva te worden en zoeken naar de verdwenen Matoranen. Je speelt als de zes Toa en moet Makuta en zijn handlangers verslaan om de Matoranen te bevrijden.
Het spel is een 3D actieavontuur. Je reist door Mata Nui en werkt zes verschillende omgevingen af. Je verzamelt juwelen, springt van rotswanden en vuurt energiebollen af op vijanden.
Elk niveau introduceert een nieuwe Toa met specifieke vaardigheden. Kopaka is de Toa van het IJs, Gali de Toa van het Water en Pohatu speelt ondergronds. Hoewel het spel niet origineel is, zullen jonge Bionicle-fans genieten van de levels gebaseerd op hun favoriete helden.