In Lost Lagoon: The Trail Of Destiny begin je als een persoon zonder herinneringen, wakker geworden met slechts een kaart van je vermiste grootvader. Je moet de aanwijzingen op deze kaart ontcijferen en puzzels oplossen om het mysterie van het eiland te ontrafelen.
Tijdens je zoektocht kom je langs een oude tempel, een gezonken schip en sombere catacomben. Je speurt het scherm af naar verborgen voorwerpen op je lijstje en moet elk detail zorgvuldig bekijken om ze te vinden. Alleen de scherpzinnigste spelers slagen erin om alles te ontdekken en het raadsel op te lossen.