Tien jaar na de gebeurtenissen in Lost Planet: Extreme Conditions is de planeet E.D.N. III drastisch veranderd. Het smeltende ijs heeft tropische jungles doen ontstaan, waardoor nieuwe gevechtsscenario’s mogelijk zijn. Je speelt als een gepersonaliseerde sneeuwpiraat en probeert controle te krijgen over de planeet.
Het verhaal wordt vanuit verschillende perspectieven verteld en je komt weer oog in oog te staan met de Akrids, reusachtige insecten die nu nog groter zijn. Gelukkig heb je toegang tot nieuw wapentuig en uitrusting, zoals draagbare schilden en kanonnen op robots. De singleplayer modus biedt afwisselende actie, maar het spel is ook speelbaar met maximaal vier spelers samen.