Might & Magic IX speelt zich af in dezelfde wereld als Heroes of Might and Magic IV. Je beslissingen bepalen of er rust komt in het land of dat er verder gevochten wordt. Het verhaal begint als een vikingschip met ridders en magiërs vastloopt op het eiland Ilse of Ashes. De overlevenden worden verspreid over het eiland.
Je eerste doel is om de bemanning te vinden en toe te voegen aan je partij. Als je iedereen hebt gevonden, moet je levend van het eiland komen. Dan pas begint het echte avontuur.