Myst Masterpiece Edition is een verbeterde versie van het originele Myst uit 1993. Je speelt als een persoon die op een verlaten eiland belandt en aanwijzingen vindt over een familiedrama. Het gaat om de familie van Atrus, die boeken kan schrijven die verbinding maken met andere werelden (Ages).
Je moet naar verschillende werelden reizen om ontbrekende bladzijden te vinden. De zonen van Atrus, Sirrus en Achenar, zijn gevangen in deze boeken. Ze maken elkaar en hun vader verantwoordelijk voor hun situatie. Het is aan jou om te ontdekken wie de waarheid spreekt.