Deus Ex: Invisible War speelt zich af twintig jaar na de gebeurtenissen uit het eerste spel. De wereld is in een herstelperiode, maar politieke en religieuze groepen proberen de macht te grijpen. Je speelt als een agent die moet overleven en de situatie het beste mogelijk moet maken.
Het spel biedt een mix van actie, stealth en RPG-elementen. Je kunt je karakter aanpassen en verschillende aanpakken kiezen om missies te voltooien. De wereld is open en je kunt vrij verkennen.