In Puzzle City - Windows los je puzzels op door gebouwen te stapelen met kleurrijke blokken. De lopende band blijft draaien, dus je moet snel handelen: als je niet op tijd bouwt, blokkeert de constructie en stopt het spel. Er zijn 48 verschillende steden met gebouwen zoals huizen, fabrieken, scholen en brandweerkazernes.
Met speciale krachten kun je gebouwen slopen of delen wegblazen om ze opnieuw op te bouwen. Compleet je levels om bonussen en speciale gebouwen te verdienen. In de verhaalmodus reis je door landschappen als bergen, woestijnen en moerassen om Mr. Towers tevreden te stellen. In de free play modus bouw je zonder druk en zo lang als je wilt.