Op de door oorlog verscheurde planeet Nu Earth vecht een eenzame soldaat voor wraak. Rogue Trooper is de laatste overlevende van de Genetic Infantrymen, een elite-eenheid die werd uitgemoord. Nu zweren zijn genetische klonen wraak op de vijand die zijn regiment vernietigde. Als meester in stealth, chaos en precisie verschijnt hij uit het niets, schakelt hele legers uit en verdwijnt weer in de schaduwen.
Het verhaal volgt zijn strijd door een oorlog die niemand kan winnen, waarin één man de balans kan doen doorslaan. Met zijn unieke kloningsvaardigheden en ongebruikelijke wapens is hij de ultieme overlever – de soldaat die nooit opgeeft.