Sega Football Manager 2006 is een verbeterde versie van het populaire voetbalmanagementspel. Je kunt nu meer onderhandelen over transferbudgetten en salarissen, wat je situatie verbetert.
Een nieuwe functie is het toespraak geven aan je team tijdens de rust. Je kunt dit doen met het hele team of individueel met spelers. Dit 'man-management' gaat verder dan alleen gesprekken; je kunt spelers met persoonlijke problemen beter helpen.
Ook de trainingen en tactieken zijn verbeterd. Trainingsschema's zijn toegankelijker, en de rol van coaches en andere stafleden is belangrijker. Tactisch moet je rekening houden met de favoriete posities en bewegingen van spelers. Ook de scheidsrechter speelt een rol; je moet anticiperen op zijn strengheid en aanpassen.