In Shogun Total War: Mongol Invasion ga je 300 jaar terug in de tijd ten opzichte van het originele spel. Je keert terug naar een periode waarin Japan werd bedreigd door de Mongolen, de gevaarlijkste barbaren die de wereld ooit heeft gekend.
Je kunt de Mongoolse indringers en hun Chinese en Koreaanse hulptroepen leiden om Japan te veroveren. Of je kunt je vaardigheden testen als een samoerai-generaal en het hoofd bieden aan nieuwe dreigingen en vreemde strijders.
Het lot van Japan ligt in je handen: wordt het een verenigd land of een extra Mongoolse provincie?