Supreme Commander 2 speelt zich 25 jaar na het eerste deel af. Je bent een commander die de oorlog leidt, niet een gewone soldaat. De gevechten vinden plaats op een grotere schaal dan andere real-time-strategy spellen. Je kunt op verschillende locaties op de planeet oorlog voeren met grote, aanpasbare legers en experimentele voertuigen.
Er zijn drie facties: de United Earth Federation (UEF), de Illuminate en de Cybran Nation. Elke factie heeft hun eigen verhaal, voertuigen en geheime technologieën. Jij bepaalt wie er wint.
In meer dan 18 uitgebreide missies wordt een spannend verhaal verteld in de singleplayer. Als je dat klaar bent, kun je online tegen andere spelers spelen in verschillende multiplayer modi.