Opa Onhandig is weer bezig met zijn tijdreishobby in The Clumsys 2: Butterfly Effect en heeft per ongeluk een prehistorie-vlinder meegenomen. Daardoor ontstaat een kettingreactie die de tijd verandert en alles naar het stenen tijdperk terugbrengt. Jouw taak is om een lijst met objecten in de spelwereld te vinden, zoals een lamp, kam of tandenborstel.
De zoektocht naar deze items is eenvoudig in theorie, maar verslavend in de praktijk. Je speurt urenlang door de wereld op zoek naar dat ene verborgen voorwerp. Daarnaast zijn er mini-games die de gameplay afwisselen en de verhaallijn verrijken. Reis door de tijd, ruim de rommel op en los de chaos op die opa heeft veroorzaakt.