Tom Clancy’s Ghost Recon 3: Advanced Warfighter speelt zich af in 2013. Het Amerikaanse leger heeft het Integrated Warfighter System (IWS) ontwikkeld. Dit systeem combineert de nieuwste wapens, satellietcommunicatie en verbeterde overlevingskansen in een geïntegreerd gevechtssysteem.
Jij speelt als kapitein Scott Mitchell. Je leidt de Ghosts en special forces. Jullie missies zijn het redden van de Amerikaanse president, het terughalen van gestolen nucleaire codes en het uitschakelen van een groep gedeserteerde soldaten. Het spel speelt zich af in Mexico-Stad.
Advanced Warfighter is een tactische shooter. Het succes van een missie hangt af van je strategie. Het IWS helpt je met een overzicht van het slagveld. Je kunt opdrachten geven aan de Ghosts, raketten bedienen en artillerie en luchtaanvallen inroepen.