Tom Clancy's Ghost Recon: Island Thunder speelt zich af in Cuba in 2009. Castro is overleden en de eerste vrije verkiezingen in jaren worden bedreigd door een warlord met drugsgeld. De Ghosts, een elite-eenheid van het Amerikaanse leger, worden naar Cuba gestuurd om de rebellen en hun leiders te verslaan en de verkiezingen voor een vrij Cuba te garanderen.
Het spel bevat 8 nieuwe single-player missies in een nieuwe campagne op Cuba. Er zijn ook 5 nieuwe multiplayer kaarten, 12 nieuwe multiplayer wapens, waaronder het M4 SOCOM geweer en de MM-1 automatische granaatlanceerinrichting. Daarnaast zijn er 2 nieuwe multiplayer game types en nieuwe Cubaanse vijandelijke en geallieerde voertuigen. Helikopter droppings zorgen voor extra realisme op het slagveld.