In Harvest Moon: The Winds of Anthos was Anthos ooit een rustig gebied beschermd door de Harvest Goddess en Harvest Sprites, die de inwoners beschermden tegen natuurrampen. Na een vulkaanuitbarsting raakten de dorpen geïsoleerd en vielen de beschermers in een diepe slaap door het gebruik van hun krachten. Tien jaar later vind jij een fles met een SOS-bericht en besluit je de godin te helpen.
Met hulp van je vriend Doc Jr. herstel je de Harvest Goddess en de Sprites, terwijl je de dorpen weer met elkaar verbindt. Je kunt over de hele wereld van Anthos reizen, van besneeuwde bergen tot zonnige stranden, met behulp van Doc’s Expando-Farm. Bouw een boerderij, fok dieren zoals koeien, kippen en schapen, en verzamel zeldzame dieren zoals wolven en fretten. Verder kun je trouwen met vijf verschillende vrijgezellen of vrijgezellinnen en unieke huisdieren houden.
Verken de wereld te voet of op speciale mounts, gebruik Warp Statues voor snelle reizen en fotografeer je avonturen. Verzamel zaden door Harvest Wisps te zoeken voor seizoensgebonden planten en cultiveer je eigen gewassen.