In NieR: Automata valuen buitenaardse machines de aarde aan zonder waarschuwing. De mensheid vlucht naar de maan en bouwt androidsoldaten om terug te vechten, maar kan hun opmars alleen vertragen. Om de impasse te doorbreken worden de YoRHa-androids ingezet als nieuwste infanterie.
Op het verlaten aardoppervlak woedt de oorlog tussen machines en androids voort. Deze strijd onthult binnenkort de lang vergeten waarheid over deze wereld.