Dit is een importversie van The King of Fighters 2000 (USA). Het spel speelt zich af in het SNK-universum en introduceert het geheimzinnige genootschap NESTS dat terroristische aanslagen pleegt over de hele wereld.
De hoofdpersonages K' en Maxima worden verdacht van betrokkenheid. Terwijl zij meedoen aan het KOF-toernooi, blijft de vraag of deze gebeurtenissen puur toeval zijn of juist gesponsord worden door NESTS in de schaduw. KOF '99'-elementen keren terug, maar de gameplay is toegankelijker gemaakt voor een breder publiek.
Met de nieuwe ACTIVE STRIKER-functie kunnen teamleden tijdens gevechten worden ingeschakeld om je strategie te versterken. Veel iconische SNK-vechters strijden mee in dit deel van de serie.