In Atelier Ryza 3: Alchemist of the End and the Secret Key keer je terug naar het eiland Kurken waar Ryza en haar vrienden genieten van een rustig leven, tot er plots een groep mysterieuze eilanden verschijnt in de buurt. Deze zogenaamde Kark Eilanden blijken een negatieve invloed te hebben op hun thuisland, waardoor Ryza en haar team op onderzoek uitgaan.
Tijdens hun zoektocht ontdekken ze een enorme poort diep in vreemde ruïnes. Een spookachtige stem in Ryza’s hoofd leidt haar naar de 'Code van het Universum' en roept nieuwe mysteries op. Wat of wie die stem is en wat er achter de poort schuilt, moet je zelf ontdekken in dit avontuur.
Het spel introduceert een open wereld met vier regio’s die naadloos op elkaar aansluiten. Tijdens je verkenning vind je en maakt je verschillende soorten sleutels. Deze sleutels helpen je bij verkenning, synthese en strijd, elk met unieke effecten. Experimenteer ermee om de geheimen van de eilanden bloot te leggen.
Naast terugkerende personages zoals Ryza, Klaudia, Tao en Lent maak je kennis met nieuwe vrienden. In totaal bevat deze editie elf groepsleden, het grootste team uit de serie tot nu toe.