Charon's Staircase speelt zich af in een land dat vroeger geregeerd werd door een totalitair regime. Het Ministerie, zoals het regime heette, heeft in de jaren 70 veel gruwelijke dingen gedaan. Nu probeert het land lid te worden van de Europese Unie.
Je speelt als Desmond, een agent die op missie is van Het Ministerie. Jij moet geheime documenten vinden en vernietigen op het Eicksebos landgoed. Deze documenten vertellen over verschrikkelijke dingen die er vroeger gebeurd zijn. Maar je ontdekt meer dan je verwacht – Project Alpha.