In Undernauts: Labyrinth of Yomi speel je in Tokio, 1979, als lid van een elite team van ondergrondse avonturiers. Een plotseling opgekomen reusachtige structuur – Yomi – trekt nieuwsgierigen en gelukzoekers aan, maar de diepten zitten vol met gevaren.
Je moet door zelf gegraven gangen navigeren, monsters ontwijken en je een weg banen door het labyrint terwijl criminelen met vreemde krachten je proberen te stoppen. Het draait om overleven: snijd je door muren, verzamel zeldzame grondstoffen en probeer boven te komen voordat de Yomi je verslindt.