In Aliens vs Predator: Extinction ga je als speler de strijd aan met een van de drie rassen: Aliens, Predators of Colonial Marines. Je speelt op de planeet LV-742, waar een bloederig conflict al jaren woedt. Je doel is om alle vijanden te verslaan en de totale suprematie te veroveren.
Je bestuurt troepen en kiest zelf je strategie. Elke ras heeft unieke vaardigheden en verbeteringen, zoals stealth-mogelijkheden voor Predators, hightech-wapens voor de Colonial Marines en zwermaanvallen voor de Aliens. Je kunt kiezen uit verschillende eenheden, van gewone infanterie tot gespecialiseerde krijgers zoals de Alien Carrier, Predator Hydra en Marine Sniper.